清朝末年，白莲教兴风作浪，力排外国的一切东西，屠杀外国所有人员。黄飞鸿（李连杰）与十三姨（关之琳）、梁宽（莫少聪）在广州游玩，遇到白莲教徒在街头游行，借“扶清灭洋”口号，摧毁外国使馆、教堂等洋人的场所，对无辜人员大打出手，妇孺也未能幸免，黄飞鸿侠义心肠，出手拯救外国人。 清朝大臣元述是白莲教的幕后靠山，朝廷妄图利用白莲教对付革命党。黄飞鸿应邀参加一个医学会议，邂逅革命领袖孙文，两人一见如故。黄飞鸿觉察到治病救人不是最有效的救国道路，孙文对救国更具远见，于是决心帮助革命党逃过卮运。白莲教徒苦苦相逼，黄飞鸿最后只能杀入白莲教总坛，依靠武力解决问题……