传说,从图书馆的小偷开始…… 水都,小精灵水上冲浪比赛,拉提亚斯想帮小智,结果小锯鳄却走错方向。小霞以微弱差距获得冠军。 亚军载小智等人游览水都,并讲述这个城市的美丽传说。 发现桑兰与莉奥的火箭队,决定先她们一步,成为新的小偷NO.1。 桑兰与莉奥追捕变成人形卡侬的拉提亚斯,小智英雄救美,拉提亚斯跑得无影无踪。 小智等人参观博物馆,看到真正卡侬,小智上前搭话,被骂。小智一路追赶卡侬,又遇到了变成人形卡侬的拉提亚斯,被带入神秘花园。 小智与卡侬和博物馆的爷爷化解误会,了解心灵水珠的美丽传说,回去与小霞、小刚汇合。 桑兰与莉奥行动开始!拉提奥斯为了救拉提亚斯被抓住,心灵水珠也被抢走。拉提亚斯变成人形跑去找小智求援,在小霞、小刚面前现出真实面目。 武藏小次郎依然肩负起跑龙套的重任…… 莉奥利用拉提奥斯与心灵水珠的力量开始发飙。 小霞、小刚被突然出现的铁栅栏困住,小智与拉提亚斯勇往直前,摆脱复活的化石神奇宝贝的追杀,终于救出拉迪奥斯,但此时心灵水珠借由古代机器发动的巨大潮水即将摧毁城市…… 已是奄奄一息的拉提奥斯为了保护水都和妹妹而牺牲。 小智等人将心灵水珠放回原位。 最后,码头边,卡侬/拉迪亚斯(这个一直有争议)送给小智一幅画,在小智脸旁一吻告别…… 当然还有,桑兰与莉奥在牢中继续研究着她们未来的小偷事业,武藏小次郎则继续着他们未来的跑龙套事业……