之前播放的动漫版《萌菌物语》虽然看上去是一个不起眼的动漫，但以其独特的剧情，还是得到了不少动漫迷的喜爱，真人版日剧也即将开播，虽然主角中村优一的人气一直不温不火，希望这次的出演能使他以后的道路更加平坦。 　拥有用肉眼看见“菌”能力的少年泽木直保和青梅竹马结城萤进入农业大学所发生一连串的趣事，透过直保和其他人物的互动可以了解许多跟菌相关的知识，也因为直保的特殊能力而招惹许多事情……