：口袋妖怪救援队的巴基尔结束山地救援任务启程返回基地，途中紧急着陆到某个山头，在那里遇到了少女安娜和老人奥斯卡，听说了前所未闻的被口袋妖怪所救的体验经历。突然谜之男子丹克表示那只口袋妖怪肯定是超梦，前几天自己也被超梦所救，但是超梦也在那个时候受到重伤。于是巴基尔决定前往救助超梦，被人类制造出来的超梦并不信任人类，于是巴基尔通过伊布，安娜通过森林里的口袋妖怪们来协助搜索……，然而这时出现在那里的，是追逐在口袋妖怪们身后的奇怪镜头和狂笑的丹克的身影……丹克的目的究竟是！？